La riforma dell’Università, tracciata dal nuovo piano didattico (1771) e scientifico (1773), dovuta alla politica di M. Teresa d’Austria e del suo successore Giuseppe II, fu rivolta a favorire una didattica di stampo sperimentale. Seguendo questa linea furono istituite, nel campo degli studi medici, numerose strutture.
Fondatore e direttore del Gabinetto di Anatomia, che sorse in Strada Nuova, nei locali in cui è oggi ospitato il Museo per la Storia dell’Università, nel 1772, fu Giacomo Rezia (1772-1783). Il Museo anatomico ad esso annesso fu uno dei primi in Italia. L’idea di un museo anatomico si deve però al maestro e predecessore di Rezia nella cattedra di anatomia, Pietro Moscati. Dopo avere raccolto un certo numero di preparati anatomici ( nell' Index rerum musei anatomici ticinensis, pubblicato da Antonio Scarpa nel 1804, si contano 29 preparati a secco di Rezia) Rezia chiese ed ottenne l’appoggio del Governo austriaco e alcune sale in cui collocare la raccolta. Nel 1783 la cattedra di anatomia fu assegnata a Scarpa. La collezione, durante i ventun anni del suo magistero si accrebbe ulteriormente di pezzi e preparati macroscopici (a secco e a fresco), e di 62 preparazioni microscopiche. Nel capo dell’osteologia sono da notare scheletri completi relativi a varie età, ossa disgiunte ad uso didattico e preparati che servirono a Scarpa a sostegno delle sue teorie sulla struttura e riproduzione delle ossa. Raccolse inoltre quello che fu il primo nucleo della collezione di crani, iniziando così una delle prime raccolta antropologiche sorte in Italia.
La collezione ebbe un ulteriore incremento ad opera di Bartolomeo Panizza (1815-1864).
I preparati salirono a 1400, incrementando le sezioni di osteologia, embriologia, splancnologia, la collezione craniologica, i preparati microscopici e di organi iniettati. Il Museo venne riordinato e venne redatto, a partire dal 1845, un nuovo catalogo. Nuove sale furono aggiunte al Museo per ospitare l’espandersi della collezione. Nel 1864 assunse la direzione del Museo Giovanni Zoja, al quale si deve un nuovo riordino, il restauro dei molti pezzi in stato di deperimento e la redazione di un accurato inventario, ultimato nel 1890. Nel 1902 l’Istituto di Anatomia, e il Museo annesso furono trasferiti a Palazzo Botta; nel 1932 trovarono una nuova sede in via Forlanini. Nel frattempo un certo numero di reperti erano stati trasferiti al "Museo per la Storia dell’Università, inaugurato nel 1936, dove sono tutt’ora conservati.
Storia dei Direttori:
Giacomo Rezia 1772 -1783
Antonio Scarpa 1783 -1804
Santo Fattori 1804 -1815
Bartolomeo Panizza 1815 -1864
Giovanni Zoja 1864 -1890
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